Com doze anos matriculou-se na Academia de Belas Artes de sua cidade natal. Foi inicialmente influenciado por Schütz e Ziegler, antigos paisagistas vienenses. Graças à proteção de Metternich, integrou o grupo da arquiduquesa Leopoldina em viagem ao Brasil. Veio na companhia dos pintores Franz Frühbeck e Johann Buchberger, e dos cientistas Spix e von Martius, entre outros. Aportou no Rio de Janeiro em 1817. Realizou aqui imensa série de aquarelas e desenhos: pintou as ilhas da Guanabara, o Largo da Carioca e de São Francisco, o Convento de Santo Antônio, a Rua Direita, o Paço de São Cristóvão, os bairros de Botafogo, Glória e Tijuca. Fixou os costumes provincianos em viagens que fez pelo interior. Em 1818 regressou à Áustria, levando centenas de desenhos e aquarelas (cerca de 800), recolhidos mais tarde ao Museu Brasileiro de Viena, criado por von Schreibers, e posteriormente transferidos para a Biblioteca da Academia de Belas Artes. Siegfried Freiberg, diretor da Biblioteca e do Gabinete de Gravuras em Cobre da Academia, em 1950 redescobriu essas aquarelas brasileiras de Ender e com elas organizou uma exposição apresentada no Museu de Arte Moderna de São Paulo e na Biblioteca Nacional, no Rio. Em 1997 o Museu Histórico da Cidade do Rio de Janeiro inaugurou a exposição O Rio de Thomas Ender. Também no Museu de Arte de São Paulo inaugurou-se em 1997 a exposição Thomas Ender no Brasil, sob a curadoria de Ana Maria Belluzzo. Essa mesma exposição foi apresentada em seguida no Museu Nacional de Belas Artes.

Referências: Tomas Ender: pintor austríaco na Côrte de D. João VI no Rio de Janeiro (Nacional, 1955), de J. F. de Almeida Prado; Thomas Ender: catálogo de desenhos (Biblioteca Nacional, 1968), organização e texto de Lygia Fernandes da Cunha; O velho Rio de Janeiro através das gravuras de Thomas Ender (Melhoramentos, s/d) e O Brasil de Thomas Ender: 1817 (Fundação João Moreira Salles, 1976), de Gilberto Ferrez; 150 anos de pintura no Brasil: 1820/1970 (Ilustrado pela coleção Sergio Fadel, Colorama, 1989), de Donato Mello Júnior, Ferreira Gullar e outros; Pinturas & pintores do Rio Antigo (Ilustrado pela coleção Sergio Fadel, 1990), textos de Paulo Berger, Herculano Gomes Mathias e Donato Mello Júnior; Um passeio pela cidade do Rio de Janeiro (Garnier, 4. ed. 1991), de Joaquim Manuel de Macedo; Museus Castro Maya (Agir/Banco Boavista, 1994); Biblioteca Nacional: a história de uma coleção (Salamandra, 1997), de Paulo Herkenhoff; Iconografia paulistana do século XIX (Metalivros, 1998), de Pedro Corrêa do Lago; O Brasil dos viajantes (Objetiva/Metalivros, 3. ed. 2000), de Ana Maria de Moraes Belluzzo; Arte no Brasil colonial (Revan, 2000), de Antonio Luiz d'Araujo; Iconografia do Rio de Janeiro 1530-1890: catálogo analítico (Casa Jorge Editorial, 2000), de Gilberto Ferrez; Viagem ao Brasil nas aquarelas de Thomas Ender: 1817-1818 (Kapa Editorial, 2000); Revelando um acervo: coleção brasiliana (Bei Comunicação, 2000), organização de Carlos Martins.